分子模拟软件LAMMPS中多尺度仿真的AtC模块的中文翻译
分子模拟软件LAMMPS中多尺度仿真的AtC模块的中文翻译
LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款用于原子尺度模拟的分子动力学软件。 该手册由Michael在其博客上提供，目的是为用户提供一个简化的版本，以便更轻松地了解LAMMPS的使用...
术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的examples目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。
从一个输入脚本运行多个模拟
库尔卡尔尼河美利坚合众国加州大学戴维斯分校化学工程系ar t i cl e i nf o文章历史记录：收到2021年2021年8月10日收到修订版，2021年保留字：多尺度模拟ZepherdDFTa b st ra ct沸石分子筛是一类重要的三维纳米多孔...
可以通过多种方式查看、可视化和分析 LAMMPS 模拟的快照。 LAMMPS 快照是通过 dump命令创建的，该命令可以创建多种格式的文件。 原生 LAMMPS 转储格式是一个文本文件（请参阅“转储原子”或“转储自定义”），可以...
可以使用 LAMMPS 中的各种选项以至少 6 种方式测量流体的剪切粘度 eta。请参阅examples/VISCOSITY 目录，了解实现此处讨论的简单 Lennard-Jones 流体模型的 5 种方法和 SPC/E水模型的 1 种方法的脚本。另请参阅计算...
弹性常数表征材料的刚度。形式定义是由在无限小变形极限下应力和应变张量之间保持的线性关系提供的。在张量表示法中，这表示为 s_ij = C_ijkl * e_kl，其中重复的索引意味着求和。 s_ij 是对称应力张量的元素。...
在 LAMMS 中，“chunks”是原子的集合，由compute chunk/atom 命令定义，该命令将每个原子分配给一个块 ID（或根本不分配给任何块）。块的数量以及块 ID 到原子的分配可以是静态的或随时间变化。...
这里我们只讨论 LAMMPS 中实现的公式，这些公式对应于 CHARMM、AMBER、COMPASS 和 DREIDING 力场中常用的公式。设置系数可以通过read_data 命令从输入数据文件中的特殊部分完成，也可以在输入脚本中使用pair_coeff和...
五点 TIP5P 刚性水模型通过添加两个通常无质量的附加位点 L 来扩展three-point TIP3P model，其中放置与氧原子相关的电荷。这些位点 L 位于距氧原子固定距离处，形成从 HOH 平面旋转 90 度的四面角。...
它可用于模拟原子，或者更笼统地说，作为原子、细观或连续尺度上的并行粒子模拟器。LAMMPS软件分为WIN版和LINUX版，本文提供WIN版的LAMMPS软件、LINUX版的LAMMPS软件和必要的环境包，如FFTW、MPICH。具体安装教程可...
固体被构造为粒子的集合，每个粒子代表一个比原子尺度大得多的粗粒度空间区域。然后，固体区域内的颗粒通过键网络连接以提供固体弹性。 与分子动力学中的传统键不同，不同键的平衡键长可能不同。 Bonds 存储参考...
LAMMPS 实现基于 Ponder 小组在其Tinker MD software软件中提供的 Fortran 90 代码。 LAMMPS 中 AMOEBA 的当前实现（2022 年 7 月）与(Ponder),(Ren), and(Shi)中讨论的版本匹配。同样，LAMMPS 中 HIPPO 的当前...
LAMMPS可以使用print和fix print命令输出结构化数据。这为您提供了灵活性，因为您可以构建包含系统属性、热数据和变量值的自定义数据格式。该输出可以定向到屏幕和/或文件以进行后处理。
LAMMPS 具有创建覆盖模拟域的均匀间隔网格的内部功能。对于 2d 和 3d 模拟，这些分别是 2d 和 3d 网格。从概念上讲，网格可以被视为网格单元的集合。每个网格单元可以存储一个或多个值（数据）。
四点 TIP4P 刚性水模型通过添加一个通常无质量的附加位点 M 来扩展传统的three-point TIP3P模型，其中放置与氧原子相关的电荷。该位点 M 位于沿 HOH 键角平分线距氧固定距离处。还应使用 harmonic的键样式和 ...
介绍LAMMPS中一个时间步是如何工作的
使用 LAMMPS 中的各种选项，至少可以通过 4 种方式测量材料的导热系数 kappa。请参阅示例/KAPPA 目录，了解实现此处讨论的简单 Lennard-Jones 流体模型的 4 种方法的脚本。另请参阅 Howto 粘度页面，了解有关粘度的...
为了模拟离子的电子壳层，卫星粒子附着在离子上。通过这种方式，离子被分成核和壳，其中后者对静电环境产生反应，从而产生极化。请参阅 Howto 极化页面，了解 LAMMPS 中所有可用极化模型的讨论。
在 LAMMPS 中，fix shake命令可用于保持两个 O-H 键和 H-O-H 角刚性。还应使用 Harm 的键样式和 Harm 或 charmm 的角度样式。 这些是为 O 和 H 原子以及水分子设置的附加参数（以实际单位表示），以运行严格的 SPC ...
LAMMPS 中的多个命令运行多副本模拟，这意味着模拟的多个实例（副本）同时运行，副本之间定期交换少量数据。
术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。LAMMPS 源代码分发的examples目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。
可以使用 LAMMPS 中的各种选项以至少 2 种方式测量材料的扩散系数 D。请参阅examples/DIFFUSE 目录，了解实现此处讨论的简单 Lennard-Jones 流体模型的 2 种方法的脚本。
分子模拟软件LAMMPS中多尺度仿真的AtC模块的中文翻译 相关下载链接：//download.csdn.net/download/qq_43191733/15685767?utm_source=bbsseo
无论是对于新手还是有经验的操作者，LAMMPS输入文件的构建都是很费脑筋的计算环节。这是由于LAMMPS的数据格式比较特殊，与其他软件的接口差异大，不能直接导出或者导出文件的错误率高。在建模软件中，moltemplate是...
在 LAMMPS 中，体粒子是广义的有限尺寸粒子。单个体粒子可以表示复杂的实体，例如离散点的表面网格、子粒子的集合、可变形物体等。请注意，LAMMPS 还支持其他类型的有限尺寸球形和非球面粒子，例如球体、椭球体、...
典型的 MD 模型将原子或粒子视为点质量。有时需要一个具有有限尺寸粒子的模型，例如球体或椭球体或广义非球体。不同之处在于，此类粒子具有惯性矩、旋转能和角动量。旋转是由与其他粒子相互作用产生的扭矩引起的。
在极化力场中，分子和材料中的电荷分布对其静电环境做出...可使用三种方法在 LAMMPS 中模拟偏振系统： 在QEQ包中实现的波动电荷法; 在CORESHELL包中实现的绝热核壳法; 在 DRUDE 封装中实现热化 Drude 偶极子方法。
颗粒系统由具有直径的球形颗粒组成，而不是点颗粒。这意味着它们具有角速度，并且可以向它们施加扭矩以使它们旋转。